El nombre correcto del cerro es JUANA LAINEZ. De acuerdo a documentos históricos Juana Lainez fue vecina de la ciudad de Tegucigalpa, esposa del Sr. Sebastián Rodríguez, minero y acarreador de metales. Uno de los documentos que demuestran este hecho es la presentación del reclamo por deuda de Joseph Araujo realizado en 1677. Por tradición, el cerro adquirió el nombre de su propietaria, donde mantenía un laborío de ganado y siembras. Con el paso del tiempo, dichas tierras pasaron a manos de diferentes personajes y finalmente en el año 1910 el cerro fue adquirido por el Estado hondureño.
En todos los documentos oficiales, tanto registrales como actas municipales, acuerdos ejecutivos y decretos legislativos, excepto el Decreto 105-2000, siempre se ha identificado a este sitio geográfico como “Juana Lainez”. Aún cuando en algunas informaciones, sobre todo reportes de guerra aparece como “Juana Laynez” o “Juana Laines”, nunca aparece un documento oficial con el nombre de “Juan A. Lainez”. Todos los historiadores, poetas e investigadores siempre han enfatizado que el nombre propio y verdadero es “Juana Lainez”. Durante muchos años el apellido Lainez, se escribió indistintamente: “Laínez”, “Laines” o “Laynez”.
El historiador Inés Navarro, en su trabajo monográfico sobre Comayagüela, fue el primero en explicar el origen del nombre “Juana Lainez”, con la salvedad de atribuir el nombre a una tradición y no a una persona histórica. Don Inés Navarro nació en 1874 en Comayagüela, fue testigo de las luchas fratricidas en las faldas del cerro y conoció toda la tradición del nombre Juana Lainez.
