Durante la Reforma Liberal, existió la intención de establecer un fuerte militar en la parte alta del cerro. Para la realización de esta obra, en el mes de diciembre de 1878 fue comisionado el ingeniero Casto Ruiz Amado, de nacionalidad cubana, por el gobierno de la república. El ingeniero Ruiz Amado fue profesor de Matemática y Física en la Universidad Central de Honduras. Aún cuando los trabajos no llegaron a edificar un verdadero fuerte, se sostuvo por muchos años una guarnición militar. Se llamó a esas trincheras: “Fuerte Juana Lainez”.
El abogado Jerónimo Zelaya fue el mayor propietario de tierras en el cerro. Para 1898 mantuvo una fuerte disputa con la municipalidad de Comayagüela, ya que Zelaya tenía cercado más terreno que el debidamente autorizado por esa Corporación Municipal.
La construcción de los accesos a la cumbre del cerro duró muchos años. Se tiene noticia que empezó en 1896 y todavía en 1915 el camino no estaba concluído. Años más tarde, la construcción del Estadio Nacional permitió que el acceso al Monumento a La Paz se convirtiera en un paseo entre los capitalinos.
En 1910, el gobierno adquiere por compra todos los derechos al doctor Pedro H. Bonilla y son inscritos bajo el número 191, folio 65 del Tomo 3 del Registro de la Propiedad de Francisco Morazán. En 1911 se realizó un inventario de los propietarios de terrenos en el sitio Juana Lainez para determinar cuál era el origen de su posesión. Presentaron documentos solamente 8 personas.
En 1915, el gobierno del Doctor Francisco Bertrand reconoció que el Doctor Antonio Abad Ramírez Fernández Fontecha había vendido sus derechos en el cerro Juana Lainez el 7 de octubre de 1898. Este documento demuestra fehacientemente que el gobierno de Honduras adquirió en ese año los derechos posesorios del sitio Juana Lainez. De las compras hechas a Jerónimo Zelaya Leiva, a Antonio Ramírez Fontecha, Felipe Valle, y otros; el Estado de Honduras tiene los derechos reales de propiedad del cerro Juana Lainez desde hace más de 100 años.
El Cerro Juana Lainez pertenece a Tegucigalpa desde el 11 de marzo de 1935 según Acuerdo Ejecutivo No. 1526 y publicado en el Diario Oficial La Gaceta número 9,651 de esa misma fecha. Desde ese momento se observa el poblamiento en las faldas del Cerro, sobre todo por la construcción del Estadio Nacional “Tiburcio Carías Andino” y el acceso por el reconstruído Puente La Isla. Por el lado de Comayagüela la inauguración del Puente “Juan Ramón Molina” en 1954, facilitó que familias cercaran predios, sin ninguna autorización de las autoridades municipales del Distrito Central.
Para conmemorar el triunfo de las Naciones Aliadas en la II Guerra Mundial, en el año 1948 el gobierno de Tiburcio Carías Andino levantó en la cúspide un Monumento a La Paz, símbolo de su filosofía de gobierno. La obra estuvo a cargo del Ingeniero Francisco Prats.
Al instalarse la Asamblea Nacional Constituyente en 1957, y con un fuerte sentimiento contra todo lo que evocara “Cariísmo”, se emitió el Decreto No. 2 que mandaba levantar un “Monumento a la Revolución”, sobre las bases del Monumento a La Paz. Ese decreto no tuvo eficacia jurídica e institucional por cuanto no se realizó obra alguna durante la administración liberal entre 1957 y 3 de octubre de 1963.
Para 1957, La Junta Militar de Gobierno donó a la Universidad Nacional Autónoma de Honduras (UNAH), los terrenos del Juana Lainez y sus aéreas circunvecinas para que construyera su ciudad universitaria. Pero, en 1968 la UNAH adquirió los terrenos para sus instalaciones en donde se aloja hoy la Ciudad Universitaria “José Trinidad Reyes” y los terrenos del Juana Lainez quedaron como tierra de nadie.
Mediante Decreto 165-94 del cuatro de noviembre de 1994, se acordó erigir en el Cerro “Juana Lainez” un Monumento a la Nacionalidad y se declaró el Cerro Juana Lainez Parque Estudiantil a perpetuidad. Esta iniciativa del Congreso Nacional se fortaleció con la constitución de un Comité Especial Pro-Mejoramiento del Cerro Juana Lainez. Pero todas esas iniciativas quedaron en buenas intenciones.
Nuevamente el Congreso Nacional toma la iniciativa para desarrollar el proyecto del Monumento a la Nacionalidad. En la ciudad de Gracias, 21 de julio del 2000, emite un nuevo Decreto bajo el número 105-2000, que reforma el Decreto 165-94, y adiciona un artículo para crear una partida presupuestaria por Cinco Millones de Lempiras para el año 2001. Esta iniciativa no se concretó.
Para asegurar la sostenibilidad del Monumento a la Nacionalidad y garantizar que las iniciativas a favor del mejoramiento de la infraestructura en el Cerro Juana Lainez se lleven a cabo sin ningún obstáculo y retardo; el Congreso Nacional aprobó el contrato entre la Fundación Ecológica de Tegucigalpa (FET) y la Procuraduría General de la República en nombre y representación del Estado de Honduras, mediante Decreto No. 173-2006. La Fundación Ecológica de Tegucigalpa será la encargada de ejecutar todas las obras de infraestructura y presentar los proyectos para recuperar la grandeza del Cerro Juana Lainez, símbolo de la identidad de todos y todas las capitalinas.